En gang for lenge siden konstruerte mennesker mektige, flygende byer i tråd med naturen. Men noe skjedde, og alle unntatt én – Laputa – ble ødelagt. Men byen forsvant, årene gikk, og minnet om Laputa ble sakte til en legende. Inntil nå, da både pirater og hærer prøver å få tak i den unge jenta Shiita halskjede som de tror kan føre dem til Laputas rikdommer. Da Shiita prøver å unnslippe, blir hun hjulpet av gruvearbeidergutten Pazu og et magisk eventyr begynner.