Den seksårige Hushpuppy bor sammen med sin lunefulde far i en nedslidt by i det sydlige USA. Hun må oftest tage vare på sig selv og ser verden rundt omkring sig som et skrøbeligt net af levende væsener, hvor hele universets eksistens er afhængigt af, at alle dele passer sammen. Men en dag kommer der uorden i systemet, byen bliver oversvømmet og hendes far bliver alvorligt syg. Det bliver den lille heltinde, som må prøve at håndtere den store katastrofe.