En mystisk, svartklädd revolverman, El Topo, rider genom öknen med sin son. Deras mål är inte självklart, och deras öde inte utstakat. Ritten kommer till ett stopp när de anländer till en liten by, plundrad av banditer som slaktat dess invånare. El Topo bestämmer sig för att hämnas, och än mer blod ska rinna. Men det är bara det första av en rad brutala händelser på deras färd.