Den spesialtrente leiemorderen Jason Bourne er fortsatt en mann uten hjemland og pass, filmen starter der The Bourne Identity og The Bourne Supremacy sluttet. Etter å ha hevnet seg på de personer som myrdet kjæresten hans, forsøker Bourne å glemme fortiden og starte et nytt liv. Når en engelsk avis spekulerer i hans eksistens blir Bourne nok en gang jaget vilt.