Anna mistet foreldrene under andre verdenskrig og vokser opp i et kloster i Polen. Som ung novise er hun på begynnelsen av 1960-tallet klar til å avlegge klosterløftene, men først må hun oppsøke sin siste gjenlevende slektning, den seksuelt frilynte og frittalende tanten Wanda. Regissør Pawel Pawlikowski tar med IDA opp et kontroversielt tema i Polen: Forholdet mellom katolikker og jøder under andre verdenskrig.