Hver samurai har en herre han er fullstendig lojal mot. I Ghost Dogs tilfelle er det Louie, en underordnet i den italienske mafiaen. Ghost Dog utfører en rekke torpedojobber for Louie, men når noe går galt får Louie i oppdrag å kvitte seg med Ghost Dog. Ghost Dogs eneste sjanse er å utrydde hele mafiafamilien.