På 300-tallet er velrenommerte Alexandria i Egypt hjemstavn for et legendarisk bibliotek, et sete for kunnskap og læring uten sammenligning i den antikke verden. Filosofen Hypatia brenner for vitenskapen med en aldri sviktende lidenskap for sannheten og er i ferd med å avsløre mysteriet omkring solsystemet, århundrer før Kopernikus og Galileo. Men arbeidet hennes trues av kristendommens framvekst og konflikter mellom kristne og hedninger...