Paettuaan labyrintista post-apokalyptiselle aavikolle, Thomas ystävineen viedään militarisoituun W.C.K.D. tukikohtaan, jossa heidän luvataan olevan turvassa. Pian Thomas saa kuitenkin selville kavalan salaisuuden heidän niin kutsutuista suojelijoistaan. Yhdessä ystäviensä kanssa hänen täytyy luottaa labyrintissa opittuihin kykyihinsä ja rohkeuteensa selviytyäkseen vaarallisesta pakomatkasta aavikon halki.