On kulunut kaksi vuotta Midgarin – saavutetun rauhan uhrausten muistomerkin – raunioitumisesta. Maailma kohtaa kuitenkin pian uuden uhan. Salaperäinen sairaus alkaa levitä nopeasti. Vanhat viholliset lähtevät liikkeelle. Sankariutta erakkoelämään paenneen Cloudin on astuttava taas esiin...