Videnskaben har fundet en metode til at kurere mutanterne fra deres egenskaber. Verdens mutanter står nu foran en prøvelse. Professor Xaviers X-Men har altid arbejdet for menneskehedens bedste, mens Magnetos Brotherhood kæmper for mutanternes rettigheder, og der er derfor opstået en uundgåelig konflikt mellem grupperne. Men da menneskeligheden står foran en ny æra, er der kamp mellem mutanterne og den øvrige verden.