Efter fem år afslutter regeringen al efterforskning af udenjordisk aktivitet, og Dana Scully og Fox Mulder må vende tilbage til ?almindelige? FBI-opgaver. Men under efterforskningen af en bombesprængning i Dallas opdager de, at det ene spor efter det andet peger i retning af en hemmelig konspiration for at hemmeligholde information om udenjordisk aktivitet i Texas. Mulder og Scully risikerer begge deres karriere og liv, da de begiver sig ind i sagen?