Et søskendepar, Lucio og Fauna, går rundt i en fortabt by på jagt efter mad og husly. De kommer ind i en af de få tilbageblevne bygninger, hvor de møder en ældre mand, som giver dem et farligt tilbud. Mørke, destruktive instinkter fører til, at et ubehageligt seksuel forhold vokser frem. We are the Flesh udspiller sig i et postapokalyptisk Mexico, hvor ondskab og begær er ubehageligt forbundet.