Tropa de Elite 2 fortsætter fortællingen om verdens farligste by, Rio de Janeiro. Gaderne er lige så usikre som før, men nu finder man de absolut farligste forbrydere blandt politikere og i politikorpset. Kaptajn Nascimento bliver tvunget til at sætte spørgsmålstegn ved hvem han skal være loyal overfor, og gamle venner forvandles til fjender.