Følg med Thomas og vennerne på et helt nyt spillefilmseventyr! Denne gang tøffer Thomas ind i et uudforsket område og opdager den glemte by Great Waterton. Kontrolchefen bestemmer at byen skal renoveres før det er Sodors Dag, og det nye lokomotiv Stanley kommer til øen for at hjælpe Thomas med det store arbejde. Stanley viser sig at være lidt for dygtig og stærk, og det resulterer i, at Thomas oplever at hans position som Sodors bedste lokomotiv er i fare.