Alcatraz bliver besat af nogle elitesoldater anført af General Hummel. Med turister som gidsler retter de raketter ladet med biologiske våben mod San Francisco. Manden der kan redde byens indbyggere fra en sikker død er John Patrick Mason - den eneste fange der nogensinde er flygtet fra Alcatraz med livet i behold. Mason skal forsøge at lede politiet samme vej ind i fængslet, som den gang han kom ud.