Hvad er det der gør at man bliver bedste venner? For Daphne, Velma, Fred, Shaggy og Shaggys hundehvalp Scooby-Doo er det selvfølgelig et mysterium som skal opklares! Da vennerne fejlagtigt bliver anklaget for at have lavet en practical joke bliver de bortvist fra Coolsville High. For at rense deres gode navn og rygte må de opklare det utrolige mysterium og kaste sig hovedkulds ud i et fantastisk eventyr!