Filmen fortsætter direkte efter hændelserne i Resident Evil: Retribution, hvor Alice står som eneste overlevende i det, der skulle have været menneskets sidste opgør mod de udøde. Nu tvinges hun til at vende tilbage til stedet, hvor mareridtet engang begyndte, The Hive i Raccoon City, hvor Umbrella Corporation samler sine styrker til et endegyldigt slag mod det, der er tilbage af menneskeheden.