Vores venner Ash, Pikachu og resten af flokken i Pokemon er på vej for at se Millenniumkometen, som er en komet, der kun viser sig i syv nætter hvert tusinde år. Undervejs møder de et omrejsende cirkus med tryllekunstneren Butler og hans assistent Diane, og de bliver venner. Samtidigt med at Millennium-kometen viser sig, vågner også Jirachi op af sin lange søvn...