Panama er inspireret af virkelige hændelser under USA's invasion i 1989. Her møder vi den tidligere marinesoldat Becker (Cole Hauser), som på opgave fra sin gamle chef Stark (Mel Gibson) skal gennemføre en våbenhandel under cover. Mens de navigerer gennem borgerkrigens kaos, må Becker og Stark bekæmpe lejemordere og forhandle med fjenden for at afslutte deres opgave og forsøge at komme hjem i live.