I den anden del af "The Maze Runner" står Thomas og hans gruppe over for en endnu større udfordring, da de vil finde ud af alt om organisationen WCKD. De befinder sig i et øde landskab kaldet "the Scorch", fuldt af farlige forhindringer. Her slår de sig sammen med modstandsbevægelsen og kæmper sammen mod WCKD's tunge hær. Men måske er det for sent at stoppe dem og deres frygtelige planer...