I det antikke Japan, på en klippe højt over havet, bor en dreng ved navn Kubo. Den streetsmarte og godhjertede knægt lever et enkelt liv og morer sig med at fortælle byens andre indbyggere eventyr ved hjælp af papirkunsten origami. Den rolige tilværelse bliver ødelagt, da Kubo ved et uheld kommer til at vække en ånd fra fortiden til live.