I en fremtid og i et univers, hvor mennesket befinder sig nederst i fødekæden, giver universet dronning ordre til, at Jupiter Jones, en ung menneskekvinde, skal henrettes. Jupiters blotte eksistens truer dronningens suveræne styre, og hun skal ryddes af vejen. Men en genetisk modificeret soldat, Caine, finder kvinden, hvis genetiske signatur kan forandre balancen i universet.