Efter forstyrrelse af den offentlige orden og et brutalt overfald på fængselsdirektøren bliver Nami Matsushima sat i isolation. Da en inspektør kommer til fængslet for at sikre, at alt går korrekt til, bliver Nami midlertidigt taget ud af sin celle, men hun benytter tilfældet til at udføre et nyt overfald på direktøren. Han beordrer hævn gennem sine vagter, og da den oprørske stemning kulminerer, øjner Nami en mulighed, som hun vil udnytte. Female Prisoner Scorpion: Jailhouse 41 er den anden film i Shunya Itōs meget omtalte filmserie.