Batman: The Doom That Came to Gotham er en beretning, der udspiller sig i 1920'erne, hvor den opdagelsesrejsende Bruce Wayne ved en fejltagelse slipper en gammel ondskab fri. Det fører ham tilbage til Gotham City efter to årtiers fravær. Den logisk og videnskabeligt indrettede Batman må kæmpe mod Lovecraftianske, overnaturlige kræfter, som truer Gothams eksistens.