Tommelise er en lillebitte pige, der lever i harmoni med naturen i Twillerbees magiske verden. Da en forkælet pige plukker de blomster, som Tommelise og hendes venner bor på, havner de i en luksusbolig midt i byen. Der hører de om de byggeplaner, som truer med at ødelægge deres verden! Ved hjælp af naturens magiske kræfter må Tommelise nu bevise, at også en lille person kan gøre stor forskel.