Den hemmelige agent Aeon Flux er i kamp mod det totalitære styre i den sidste overlevende by på jorden i det 25. århundrede. Aeon er oprørernes bedste bud på at få omstyrtet det meget sterile og "perfekte" styre. Men under en mission, der går ud på at få ram på regeringslederen, opdager Aeon til sin overraskelse et spindelvæv af hemmeligheder, der kunne forandre verden for altid.