Sæt nu verden, som vi kender den, kun er en illusion, og vores virkelighed kun er en computersimulering? Den kritikerroste filminstruktør Rodney Ascher tager det spørgsmål med ned i et kaninhul af videnskab, filosofi og konspirationsteorier. A Glitch in the Matrix søger svarene på de næsten ustillelige spørgsmål om vores tilværelse gennem populærkulturelle referencer, videnskabelig viden og mennesker, der kan vidne om, at de med al sikkerhed har oplevet ”buggen i matrix”.