Våra vänner Ash, Pikachu och resten av gänget i Pokemon är på väg för att se Millenniumkometen, som är en komet som bara visar sig i sju nätter vart tusende år. På vägen möter de en resande cirkus med trollkonstnären Butler och hans assistent Diane och de blir vänner. Samtidigt som Millennium-kometen visar sig vaknar också Jirachi upp från sin långa slummer...