En gång för länge sedan konstruerade människor mäktiga, flygande städer i samklang med naturen. Men något hände och alla utom en – Laputa - förstördes. Men staden försvann, åren gick och minnet av Laputa förvandlades sakta till en legend. Ända tills nu, när både pirater och arméer försöker komma åt den unga flickan Shiitas halsband som de tror kan leda dem till Laputas rikedomar. När Shiita försöker fly får hon hjälp av gruvarbetarpojken Pazu och ett magiskt äventyr tar sin början.