John Carter är baserad på Edgar Rice Burroughs klassiska Science fiction-roman och berättar historien om krigsveteranen John Carter som oväntat transporteras till Barsoom. Där blir han indragen i en konflikt av enorma proportioner mellan krigande stammar och exotiska ökenvarelser. Carter ger sig in i kampen och återupptäcker den medmänsklighet han tidigare förlorat när världen håller på att rasa samman. Han inser snart att ansvaret för Barsoom och dess innevånares överlevnad vilar i hans händer.