De orädda utforskarna från Disneys populära tecknade film Atlantis: Milos återkomst är tillbaka. Under sin första expedition lyckades Milo Thatch och hans grupp hitta den berömda undervattensstaden och rädda det mytomspunna kungarikets alla invånare. Nu förbereder sig Milo, Kida och de andra för nya äventyr. De måste lämna Atlantis när märkliga saker sker på land och upptäcker då att mystiska krafter varit i farten. Från de dammiga öknarna i sydväst till de frusna nordiska bergstopparna, tvingar deras nya uppdrag dem att möta gigantiska havsodjur, läskiga andar och mäktiga legender. Under expeditionen upptäcker Kida den otroliga kraften hos stadens förtrollade kristaller och måste till slut bestämma sig för om det är bättre att gömma Atlantis Hjärta än dela dess kraft med resten av världen?