Elitsoldaten Deunan Knute tas i ett överfall till den utopiska staden Olympus. Olympus är den perfekta staden där människor och Biorider lever i full harmoni med varandra och människans ondska är bortavlad. Men den hotas av terrorister. Deunan är den perfekta elitsoldaten förkroppsligad. Hennes uppdrag är att tillsammans med sin expartner Briaros rädda Olympus livsviktiga serum Appleseed undan från terroristerna.