Neo, Morpheus og Trinity er tilbake i den mektige andre delen av Matrix-trilogien, og de får selskap av nye forbundsfeller i kampen mot fienden som er klonet og oppgradert. Neo anslår at han har 72 timer på seg til å slå ut de 250 000 destruktive sonder han vet er sendt ut. Han må bestemme seg for hvordan han skal redde Trinity fra den mørke skjebnen han drømmer at hun skal rammes av.