En by trenger helter. Mørket har senket seg over New York etter at Shredder og hans klan har tatt jerngrep på New York. Fremtiden ser dyster ut inntil fire merkelige brødre stiger opp fra kloakken, og entrer byen som Teenage Mutant Ninja Turtles. Skilpaddene må samarbeide med den fryktløse reporteren April O'Neil og hennes spøkefulle kameramann Vern Fenwick for å redde byen og ødelegge for Shredder's planer.