Mørke skygger faller over New York siden Shredder og Fotklanen har fått et jerngrep på alt fra politi til politikere. Skilpaddene må sammen med journalisten April O'Neil og hennes kameramann Vernon Fenwick redde byen og stoppe Shredders lumske planer. Filmen utspiller seg i 2014, men inneholder også tilbakeblikk til 1999 da April var en liten jente.