Våre venner Ash, Pikachu og resten av gjengen i Pokémon er på vei for å se Millenniumskometen, som er en komet som bare viser seg sju netter hvert tusende år. På veien møter de et reisende sirkus med tryllekunstneren Butler og hans assistent Diane, og de blir venner. Samtidig som Millenniumskometen viser seg, våkner også Jirachi opp fra sin lange slummer…