Panama er inspirert av virkelige hendelser under den amerikanske invasjonen i 1989. Her møter vi den tidligere marinesoldaten Becker (Cole Hauser) som på vegne av sin gamle sjef Stark (Mel Gibson) er i ferd med å fullføre en hemmelig våpenavtale. Mens de navigerer gjennom borgerkrigens kaos, må Becker og Stark kjempe mot snikmordere og forhandle med fienden for å avslutte oppdraget og prøve å komme seg hjem i live.