Den bråkete og ulydige 12-åringen Nils Holgersson blir - som straff for sine ugjerninger mot dyrene på gården - forvandlet til en liten pusling av gårdens husnisse. Fra å ha vært stor og tøff, blir han nå liten og forsvarsløs. En dag blir han sittende fast i halsbåndet til Mårten, gårdens tamme gås. Nils blir tvunget opp i luften sammen med Mårten. Dette er starten på et fantastisk eventyr for Nils.