I det gamle Japan, på en klippe høyt over havet, bor en gutt som heter Kubo. Han forteller storslagne eventyr og heltesagn ved hjelp av det magiske instrumentet sitt. Moren hans er datteren til Månekongen, og han vil ha henne tilbake. Det eneste som kan gi Kubo styrke til å stå imot Månekongen, er den magiske rustningen til faren - den største samuraien verden noensinne hadde sett.