Handlingen i Cube Zero utspiller seg før den første filmen om dette kubiske torturredskapet. Historien kretser rundt en ung nyansatt i bedriften som ikke vil hjelpe til med å plage fangene i The Cube. Dessuten finner han hemmelig informasjon som avslører at en av fangene faktisk ikke har skrevet under på noe tillatelse til å settes i Kuben. Han begir seg derfor på egen hånd frivillig inn i kuben for å hjelpe kvinnen å komme seg ut.