Brødre skildrer forholdet mellom brødrene Markus og Lukas over åtte år, og utspiller seg i deres virkelighet på Sagene, ved Akerselva i Oslo, og på Smøla, ved havet utenfor Kristiansund. Fotograf, regissør og mor Aslaug Holm har filmet de to sønnene sine, fra de var fem og åtte år, og til eldstemann avslutter ungdomsskolen.