En astronaut fra den første filmen følger i Taylors spor og havner på samme planet - Apeplaneten. I sin leting etter Taylor blir han ikke bare utsatt for undertrykkende apekatter, men oppdager også en menneskerase som har overlevd en kjernefysisk katastrofe og som tilber atombomben. Som sin forgjenger handler denne science-fiction-filmen egentlig om rasisme og meningsløsheten med vold.