Yrittäessään korjata maan alla kaupungin päävesijohtoa brooklyniläiset putkimiesveljekset kulkeutuvat salaperäisen putken kautta maagiseen maailmaan. Kun veljekset ajautuvat erilleen, Mario lähtee eeppiselle matkalle löytääkseen Luigin. Apunaan Sienivaltakunnan asukas Toad sekä vahvatahtoisen Prinsessa Peachin opetukset Mario löytää omat voimansa.