7-vuotias Tim Templeton on ollut koko elämänsä ajan vanhempiensa ihailema ja saanut kaiken haluamansa. Kaikki muuttuu, kun hän saa uuden pikkuveljen, pukuun pukeutuneen ja salkkua kantavan Boss Babyn, joka vie paitsi kaikkien sydämen, ottaa myös haltuun koko Templetonin perheen huushollin. Kaksikko joutuu kuitenkin pistämään keskinäisen riitansa hetkeksi syrjään, kun ilkeä Puppy Co. -yhtiön johtaja Francis Francis uhkaa anastaa vallan itselleen.