Yhdessä lentäjä-ässä Sky Captainin kanssa piinkova toimittaja Polly Perkins alkaa tutkia tunnettujen tiedemiesten mystisiä katoamisia ympäri maailmaa. He vaarantavat henkensä kulkiessaan maapalloa ristiin rastiin, mutta voiko tämä huimapäinen kaksikko pysäyttää läpeensä pahan tohtori Totenkopfin, joka on laatinut katastrofaalisen suunnitelman maailman tuhoamiseksi?