DSO:n agentti Leon S. Kennedy jäljittää siepattua tri Antonio Tayloria, kun hänen takaa-ajonsa tyssää salaperäiseen naiseen. Samaan aikaan BSAA:n agentti Chris Redfield tutkii San Franciscossa zombivirustapauksia, joissa tartunnan syy ei ole selvillä. Ainoa uhreja yhdistävä tekijä on, että he kaikki olivat käyneet äskettäin Alcatrazin saarella.