Ison Valliriutan trooppisissa vesissä kasvanut pieni Nemo uhmaa isänsä Marlinin kieltoa lähteä avomerelle uimaan ja joutuu kalastajien saaliiksi ja akvaarioon Sydneyyn. Marlin lähtee etsimään poikaansa ja saa avukseen muistinmenetyksistä kärsivän Doryn. Yhdessä kaksikko aloittaa pitkän ja vaarallisen matkan Sydneyn satamaan. Samaan aikaan Nemo on onnistunut vakuuttamaan akvaarion muille asukeille, että ne kaikki voivat paeta lasiseinien sisältä uidakseen jälleen vapaina meressä.