Boksitrollit ovat hirviöitä, jotka kiipeävät öisin viemäreistä viedäkseen mukanaan kaupungin lapset ja maukkaat juustot. Tähän legendaan kaupungin väki on ainakin aina uskonut. Todellisuudessa Boksitrollien yhteisö on täynnä rakastettavia kummajaisia, jotka kasvattavat hylättyä ihmispoikaa Egua kuin omaansa. Kun roistomainen tuholaistorjuja ottaa Boksitrollit silmätikukseen ja aikoo hävittää koko yhteisön, kaikki toivo on Egun varassa.